作品以千年之后的未来为背景，讲述了日本的孩子们不断地消失，只存在想象中的奇异动物与人类展开战争的故事。反乌托邦式的未来社会「新世界」，是能够口吐真言、凭藉「咒力」操纵物体的人类，与有著等同于普通人智

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此

故事开端为第一季故事的七年之后。高达模型对战的规则被革新，亦令其对战更受欢迎。虽然伊织诚和岭司得到第7回敢达模型对战世界大赛的冠军，也令学校圣凤学园沾光不少。不过，其“高达模型对战部”就只剩下部长..

十多年前一只拥有巨大威力的妖兽九尾妖狐袭击了木叶忍者村，当时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将九尾妖狐封印在了刚出生的鸣人身上木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成像九尾妖狐那样的怪物看待

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