由古至现在，斗神士有三个流派。“天流”负责守护被关闭了的异空间“伏魔殿”，“地流”负责讨伐自伏魔殿漏出的妖怪，“神流”则于伏魔殿很深的地方暗中活动，用影子操纵天地。开始了对被留下了的天地的斗神士的攻击

小宫千寻（藤原夏海 配音）从小和母亲过着相依为命的生活，母亲不擅家事，家中的洒扫洗涮便都由千寻来承担，日子虽然过得拮据艰辛，但却十分的幸福快乐。然而，不幸忽然降临，母亲过世，千寻失去了最后的依靠。　　

故事讲述2017年，“TheWorld”的续作“TheWorldR:2”席卷世界，而由于设计缺陷而使R:2变成了无法无天的PK地带，而这部《.hack//G.U.TRILOGY》就是讲述发生在已