超星特工猪猪侠在上次的任务中留下了后遗症，但他坚持独自潜入海底世界执行新任务。在五彩缤纷的海底世界见识到各种各样的海底生物，结识了正在寻找哥哥的小豆芽，受小豆芽勇敢执着的精神所打动，猪猪侠决定帮助小豆

被外星人控制的恐龙王对地球发起了攻击，迷你特工队在强大的力量面前屡屡挫败，关键时刻，曾经与恐龙王有着深厚友谊的少年——杨能否重新唤起恐龙王的记忆，一起来对抗外星人。