故事的主角是四只住在纽约下水道的基因突变的小乌龟，由他们的老师——一只变成了老鼠的日本忍者教导他们忍者的精神和功夫，以此同邪恶的鬼足忍者施莱德和外星人朗格进行战斗。

该动画讲述的是由4只基因突变的乌龟所组成的忍者团体，并得到斯普林特师父的忍术训练和指导的故事。他们住在纽约曼哈顿的下水道，夜间出动，打击街头犯罪、邪恶势力和外星入侵，同时他们始终和外界社会保持距离。