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小智一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉。弗卢拉选中了小智作为庆典的“指挥者”，他的任务是前往三圣岛，找到隐

鲁邦正与不二子共进晚餐，突遭不明人物袭击。奔逃中，不二子落下悬崖。待鲁邦找到时，发现她已经失去记忆……

某日，小新（矢岛晶子配音）、小葵和美伢（楢桥美纪配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正配音）企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。唯一能够阻止污垢达人博士的阴谋的，就只有仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发现该温泉正好处于小新他们家地下。小新一家人决定帮助温泉G组的同胞们找到黄金之魂温泉，却遭到了污垢达人博士的袭击，并且最终沦为俘虏遭受了酷刑。