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潜伏于地底的秘密结社铁甲龙，二十年前为了征服世界而以其超高科技开发了巨大的八卦机器人，但组织内的天才科学家木原正树的背叛使铁甲龙的计划险些遭到毁灭性的打击，而其中号称最强的机体天之志雷马也落入最终护卫

神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边她的命运似乎就将在此结束。在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”

《新世纪福音战士》电影版第1部分为“DEATH篇（死亡篇）”与“REBIRTH篇（新生篇）”两个部分。“死亡篇”以原TV版动画第1集到第24集的内容为基础，重新剪辑了一个总结篇。“新生篇”内容承接第2